实验室实行主任负责制和学术委员会评议制的管理机制。实验室主任全面负责实验室的建设和发展。实验室学术委员会研究决定实验室的科研方向，审定研究课题，监督经费使用，促进和协调开放事宜。实验室已经按国际联合实验室的要求建立了完善的管理制度，分为：总则、实验室管理机构、学术委员会工作章程、国际科技合作项目和经费管理、设备仪器管理、国外访问学者和合作研究的规定、知识产权保护条例等15个方面；为提高国际合作的效率提供制度保障。